“三藩之乱”已经四年了，局势的演变，证明皇帝所作的“撤藩”的决定是睿智的。
最初是四藩，清朝开国以后的四个异姓王。定南王孔有征早死而无嗣，剩下三藩：在云南的平西王吴三桂，在广东的平南王尚可喜，在福建的靖南王耿精忠，名为镇守，实同割据。尤其于盘踞西南半壁的吴三桂，自从康熙元年以弓弦绞杀永历帝由榔，斩绝明祀以后，逐渐跋扈，用人则吏部、兵部不得过问，用财则户部不得稽迟，每年耗费军饷二千余万两银子，邻近数省的收入不足以供应，还要取给于东南财赋之区。“他要干什么？养那么多兵！大乱之后，悉索敝赋地征敛了百姓的脂膏，去填他的贪壑，这是公平的吗？照这样子岁糜巨饷，何时才能修水利、劝麻桑、兴文教，与民休息，出现太平岁月？”这一连串的疑问，从皇帝十四岁亲政时，就已困扰着他。
多少日子积下来的深思熟虑，终于在一次御前会议中表达了出来：撤藩。没有人相信吴三桂和耿精忠能像宋朝那班开国的将领那样接受劝告，奉还兵权于朝廷，以享厚禄为己足。此举只能导致一个后果：激起叛乱。
八旗的重臣都期期以为不可，而二十岁的皇帝，断然作了决定，“撤亦反，不撤亦反！”他说，“不如先发制人。再拖下去，吴三桂羽翼更盛，”越发难制。“
拥护皇帝的主张的，只有极少的几个人：户部尚书米思翰、兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛。至于汉大臣，在这种论用兵的廷议中，是没有发言的余地的。
吴三桂、耿精忠、尚可喜的儿子尚之信，果然都反了。
平乱的军事起先很吃力，但皇帝深具信心；所以在亲裁调兵筹饷的大政，以及不分昼夜，批阅军报、指授方略之余，依旧亲近儒臣，不废讲学。这样到了康熙十六年，也就是三藩之乱进入第五个年头，战势已在控制之下，平定只是时日迟早而已。
那用兵的四年之中，皇帝更了然于治乱之道；明朝的遗民志士还很多，然而吴三桂却不能得到他们的助力，因为吴三桂不忠、不孝复不义。一个皇朝的兴废，全系于人心的向背；而人心的向背先要着读书人的态度，读书人的态度又决定于这个皇朝的做法，讲究仁义礼乐的孔孟之道，读书人自然就会拥护。
他深切了解人心望治，明朝的那班遗民志士，只是在感情上还倦倦于故主；而故主之祀已绝，就只有隐于岩壑，自了一生。然而作为天下之主，不容此辈高蹈，盛运宏开，要靠大家一起来努力；尤其是读书人，应有先优后乐的天下之志，责任更重。
于是，他决定特开制科，名为“博学弘儒”。
