明代，这些倭寇行踪飘忽，打一枪换一个地方，朝庭虽数次派兵弹压，奈何成效甚微。一时间，多少名将折戟沉沙，饮恨海疆，以至于明朝众将居然到了闻倭色变的程度。最惨痛的一次战例是，公元1555年，一股70人的倭寇登陆后竟深入腹地行程千里，从浙东窜入安徽、江苏，一路掠杀，还围着南京城兜了一个大圈，当时南京城驻军12万，却多不敢迎战，最后这股倭寇虽然被歼，但明军伤亡竟达4000人。
时势造英雄。南京一战，让戚继光受命于危难之间，任浙江都指挥使，奉命抗倭。他以独道的战略眼光瞄准了海洲三岛，以精干力量镇守海洲，作为前哨，这给戚家军的大陆主力迎战倭寇留下了充足的战略缓冲空间。此后，抗倭形势顿时为之改观，戚家军在台州九战九捷，海洲也因此扬名天下。此后，戚家军在浙江、福建、广东三省转战10年，日本海盗因惧歼而不敢再犯。
海疆安定之后，大量驻岛官兵发现这里渔业资源丰富，海产品产量甚丰，加之这批官兵本就以流离失所者居多，便在此安家落户，休养生息；朝庭在抗倭之后也更加重视这里的战略地位，增加了海洲的驻军；更有无数大陆居民闻讯迁居于此，很快，海洲变得人烟稠密，一步步发展为以渔为主、工商兼备的海疆重镇。
